在近日举行的2009创新方法高层论坛上，科技部副部长、创新方法研究会常务副理事长刘燕华认为，从根本上提高科技自主创新能力，最为重要的是要掌握创新方法。创新方法是国家科技创新的重要组成部分，是一项长期性的基础工作。
刘燕华副部长指出，目前，我国科技创新工作中，在方法上存在五大问题。
一是科学思维培育不够。创新思维与创新精神培养缺位，目前应试式的教育体系、灌输式的教学方法抑制了学生的创新思维和创新精神；科研活动创新思维不足，自主创新研究成果少；以跟踪模仿为主，自主创新较少；多数学科发展滞后，属于世界领先的学科很少；中国申请人在世界知识产权组织的PCT专利申请只占总量的0.96%；尊重科学、崇尚科学的氛围不够，科学精神与科学氛围仍然不足，不按照科学规律办事的问题仍普遍存在。
二是科学方法研究与应用不够。科技界关于科学方法的意识薄弱，科研活动中，忽视研究方法的规范性、创新性；国内学术期刊很少发表关于研究方法和哲学思考类的理论性论文；对科学方法的研究不够，仅限于对国际科学方法的跟踪、了解，缺乏对前沿方法的前瞻性研究；科学方法的研究与应用严重脱节；企业技术创新能力不足，缺乏科学创新方法。
三是具有自主知识产权的科学仪器设备匮乏。“十五”期间，国家主体科技计划用于“科学仪器设备研制与开发”项目的经费只有0.85亿元，仅占三大科技计划经费的千分之二和科学仪器购置经费的1%；科学仪器水平与发达国家存在明显差距，高档科学仪器基本处于空白，中档科学仪器、国产设备稳定性和重现性不高，软件配套性较差，占有率小；科学研究“空芯化”现象严重，每年科学仪器固定资产投资中的60%用于进口设备，其中，精密仪器、生命科学仪器、大型科学仪器等高技术含量的产品更是90%以上依靠进口。
四是创新政策环境还不完善。虽然近年来我国科学研究与发展（R&D）经费投入不断增加，但与发达国家以及同等发展水平的发展中国家相比，我国科技投入水平还不高。以2004年为例，我国研发经费仅相当于美国的8%；全国研发人员年平均经费分别只有韩国的14%和日本的8%，而在发达国家，公共财政支持科技发展的经费中有40%用于支持科学方法和科学仪器。在我国，国家主体科技计划对这方面研究项目的支持几乎为零。
五是评价方法有待改进。目前，我国科技成果评价方式也不利于创新方法的发展。科研院所对科研人员研究能力的评价标准不全面，过分重视SCI（Science Citation Index，科学引文索引），而忽视一些基础性或方法上的重要问题。以诺贝尔奖为例，诺贝尔奖有1/3是通过科学发现、理论推导得奖；有1/3是通过方法上的创新、方法思路上的创新得奖；还有1/3是通过科学仪器、科学手段、科学工具上的创新得奖。而在我们的科技布局上，更多瞄准了第一个1/3 ，把后两个1/3基本忽略了。