我国实施环评30多年来，对控制项目建设可能造成的环境污染和生态破坏，促进经济社会与环境保护协调发展发挥了积极作用。但是，有资料表明在过去20多年中，全国建设项目环评通过率达99%，与同期水、空气以及土壤环境问题集中显现形成强烈反差，环评的公信力及其发挥的作用与预期目标存在较大差距。现行的环评制度存在一定弊端，究其原因：
　　一是我国环评制度确立和实施经历了与其他发达国家不同发展历程。在计划经济时期，由于任何项目都必须获得计划部门批准后才能建设，导致环保法规定的环评程序只适用于建设项目而不适用于政府其他重大决策活动；实行市场经济后，因一些项目无需计划部门审批立项而导致环评前置程序部分落空。
　　二是我国环评制度在设计上一开始并非将其作为独立程序，而是将其纳入建设项目管理程序之中的辅助程序，环评的时机、时期均必须符合项目总体管理的要求。2004年国家投资体制改革后，环评制度并未进行配套改革，使得环评的权威和效力缩水。
　　三是环评制度在我国有关开发决策活动中的地位较低，对违反环评义务的法律制裁较轻。我国《环境影响评价法》对未经环保部门审批环评文件就开工建设的，只是规定责令停止建设和限期补办环评手续，制裁措施缺失，而对有关违法行为直接责任人追究行政责任也未真正落实到位，对于该违法行为持续不断的则无制裁规定。导致全国范围内高耗能、高污染的钢铁、电解铝、水泥、玻璃项目未批先建，产能严重过剩。
　　四是环境保护职能交叉，环评这一政府行政许可被割裂。迄今为止，环保部门审查的环评文件偏重于环境污染，而建设项目所涉及到的水土流失控制、水资源论证、行洪论证、排污口设置、地质灾害、生态影响等环境问题评估却分散在水利部门、国土资源和农业部门。
　　五是管理部门重审批轻管理，对于环评质量及环评提出的环保措施落实情况监督乏力。在利益驱使下，环评机构的诚信缺失，是当前环评法律实施过程中的不争事实，“拿人钱财，替人消灾”的现象在环评市场上并非少见。据了解，环保部门每年度审批的建设项目数量远大于项目验收数量，甚至审批多年的项目也未进行环保竣工验收。据统计，全国验收率仅为30%左右。
　　有鉴于此，结合政府职能转变和行政体制改革，对环境影响评价制度改革提出如下建议：
　　一是将环评“审批制”改为“备案制”。借鉴深圳市南山区“环评备案制”经验，对于一般性建设项目实行备案制，主管部门着重审批污染较重行业的项目、区域开发项目，加强政府重大决策规划的环境影响论证。对已备案的项目、已在市场监管部门登记但未向环保部门申报的项目以及审批到期的建设项目，加大执法监督力度。
　　二是整合环评行政许可职能。取消相关部门的水土保持方案、地质灾害评估行政许可，将水土保持方案、地质灾害评估、生态影响等相关内容并入环境影响评价报告，建立由环保部门会同有关部门会审制度。
　　三是改革环评程序。使其独立于项目的其它审批程序，提升环评的独立性和效力。
　　四是加大对环评违法行为的制裁力度。废止补办环评程序，严格追究违法责任人的法律责任。
　　五是建立和完善建设单位、环评机构的环评信用制度，并加强监督，同时改革环评报告评估方法。